1、三性说。三性即遍计所执性、依他起性、圆成实性。无著、世亲等瑜伽行派认为，诸法实相应有两方面，既不是有自性，如名言诠表所说，也不是一切都无所有，而是远离有无二执以为中道。这样即有虚妄分别与空性两面：依分别的自性说为“依他起性”（相对真实）；依分别的境说为“遍计所执性”（妄想）；又依空性说为“圆成实性”（绝对真实）。法相宗继承此说，且结合唯识说，以为三性也不离识，谓诸识生起之时，现似见分与相分两分是依他；意识从而周遍计度，执为“能”、“所”二取，则是遍计所执。
该宗又用唯识所现来解释世界，认为世界现象都由人的第八识即“阿赖耶识”所变现，而前七种识再据以变现外境影像，缘虑执取，以为实在。又认为在阿赖耶识中蕴藏着变现世界的潜在功能，即所谓种子。其性质有染有净，即有漏无漏两类。有漏种子为世间诸法之因，无漏种子为出世间诸法之因。从而说明未来出世者种姓有声闻、独觉与菩萨三乘之别，又有不定为何乘之“不定种姓”与三乘也不得入的“无种姓”，因而建立五种姓说。这与向来所说一切众生皆有佛性之说不同，是该宗中心思想之一。
2、五重观法。为与唯识说相适应，主张用唯识观。窥基在《大乘法苑义林章》的《唯识章》中特别提出从宽至狭、从浅至深、从粗至细的五重唯识观。五重观是：（a）遣虚存实识。此观有情的遍计所执性法，纯属妄情臆造，毫无事实体用，故应遣除；至于依他性法仗因托缘依他而有事实体用，是“后得智”之境，又圆成性是诸法之理，为“根本智”之境，均不离识而应留存。是为唯识观的初步。（b）舍滥留纯识。虽观事理皆不离识，而此内识有所缘相分和能缘见分。相分为内境，见分心仗以起，摄境从心，并简别有滥于外境，所以只观唯识，为第二步。（c）摄末归本识。摄见相二分之末，归结到自心体分之本。因见相分皆识体所起，识体即为其本。今但观识体，为第三步。（d）隐劣显胜识。隐劣心所，显胜心王。心王起时必隐劣心所，为第四步。（e）遣相证性识。心王犹属识相，今遣相而证唯识性，得圆成实之真，为唯识观最究竟之阶段，即第五步。
3、因明学说。因明原为瑜伽行派所创。世亲门人陈那有更大发展。玄奘在印度游学时，曾到处参问因明，造诣极高。临回国前，在戒日王所主持的曲女城大会上，立了一个“真唯识量”，书写在金牌上，经过18天，无一人能驳倒它，创造了因明光辉的典范。回国后，先后译出商羯罗主的《因明入正理论》和陈那的《因明正理门论》。门人竞作主疏。其中以大庄严寺文轨和慈恩寺窥基所作最为流行。窥基对因明作法，多有发展，主要有：区别论题为“宗体”与“宗依”；为照顾立论发挥自由思想，打破顾虑，提出“寄言简别”的办法；立论者的“生因”与论敌的“了因”，各分出言、智、义而成六因，正意唯取“言生”、“智了”；每一“过类”都分为全分的、一分的，又将全分的一分的分为自、他、俱；推究了有体与无体。
